義務役官兵服役期間，如因病傷殘廢不堪服役或繼續接受訓練或無法隨隊活動而影響基層訓練、管理造成部隊困擾者，可依下列程序辦理因病停役：

（一）由連級單位主動填報「辦理因病停役檢定建議表」，依其服役狀況詳實敘述，呈報所屬營級以上單位辦理因病停役。

（二）營級單位審核所連級單位呈報之「辦理因病停役檢定建議表」屬實者，即填造「辦理因病停役體格複檢證明書」一式三份函請國軍醫院辦理鑑定。

（三）經國軍醫院鑑定後，檢同國軍醫院函覆之「證明書」二份，及連級所報之「建議表」，逐級呈報上級單位核定。

（四）旅級對所屬呈報辦理因病停役案件，應詳實審核，合於「常備兵病傷殘廢停役檢定標準」規定者，即填造「停役報告表」，檢同「辦理因病停役體格複檢證明書」二份及「辦理因病停役檢定建議表」直接呈報各軍種總（司令）部核定，並副呈所隸軍團級單位（含比照）。

（五）對患肺結核、精神病、智能偏低（八十五分以下）、愛滋病及癲癇症辦理因病停役案件，得逕予核定停役，經確認屬實後得逕予核定停役，並報請所屬總（司令）部（中央單位為國防部）備查，副呈所隸軍團級單位（含比照）。

（六）辦理因病停役案件時，應嚴格審查管制，對合於「常備兵病傷殘廢停役檢定標準」規定者，應俟完成殘等檢定後，始可呈報（或核定）因病停役，但不合「殘等檢定標準」規定者，應即予呈報（或核定）。

（七）總（司令）部（中央單位為國防部）對所屬呈報因病停役案件，應嚴格審查管制，對合於「常備兵病傷殘廢停役檢定標準」規定者，即核定因病停役；不合「常備兵病傷殘廢停役檢定標準」規定者，即批復「不合辦理」，並逐級核轉所屬連級單位。

（八）因病停役作業時程
　　　各級辦理因病停役文書作業之時間（不含軍醫院鑑定、殘等檢定作業）合計以三十日為限，規定如下：

　　　連級呈報營級三日。
　　　營級呈報旅級六日。
　　　旅級呈報總部六日。
　　　總部審核發布十五日。